我国科研人员开发检验基因表达“开关”可靠性的数据库
来源:新华网
RNA甲基化修饰被认为是控制基因表达的“开关”,但长期以来,该领域研究中有关基因位点是否有修饰的实验结果并不稳定。
记者3日从位于江苏苏州的西交利物浦大学获悉,该校助理教授魏震团队综合近1400种研究数据,开发可交叉验证的RNA甲基化修饰位点数据库,为今后评价相关实验结论是否可靠提供参考。研究成果3日发表在国际学术期刊《核酸研究》上,并向全球免费开放。
魏震介绍,RNA甲基化修饰能控制基因的表达,被认为与多种疾病密切相关,也是近年来国内外生物学研究的热点。
然而,该领域长期面临一大难题,同一个基因、同一处位点,采用不同的检测方法,会得到大相径庭的检测结果。
“这篇论文认为某位点有修饰,那篇论文认为没有修饰,令后来的研究者无所适从,只能重新测一遍,造成重复劳动和资源浪费。”魏震说。
团队想到,可以用统计学方法回顾已有研究,检验各类实验结果的可靠性。
魏震告诉记者,过去两年里,团队重点收集了东亚、北美、欧洲三大公共数据库1393个生物学样本的原始测序数据,覆盖了10种常用的RNA甲基化修饰检测技术。
通过“正交验证”算法,团队识别出13.5万个高置信度RNA甲基化修饰位点,建成标准统一、直接可比的数据库,目前已有24个国家的科研人员使用。
“这个数据库将帮助科研人员区分实验中出现的信号,哪些是可靠的生物学标记,哪些只是实验噪音。”魏震表示,研究中团队还发现6000多个基因变异,其中有些变异与抑郁症等复杂疾病的RNA甲基化修饰位点呈现高度相关性,有望为科学家探究疾病的分子机制提供新角度。
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