为进一步提升资金透明度，2023年9月，水滴公司委托国内大华会计师事务所对水滴筹业务进行专项财务审计，对营业收入、成本费用及营业利润等进行复核、评估分析。审计报告结果显示，水滴筹的整体营业利润为负，单季度亏损额超过六千万。而根据水滴公司的财报数据显示，2023年第二季度水滴筹亏损额为6413万。
据大华财务审计报告显示，水滴筹业务板块营业成本及费用主要由运营成本和研发成本构成，其中运营成本主要包括人力成本、房租办公成本、管理费用等。人力成本主要包括顾问团队、技术团队、医疗信息鉴定、真实性审查团队等。而水滴筹的研发成本主要为平台运营产生的服务器使用和云存储费用以及新技术开发费用。
近年来，水滴筹多举措并进推进资金安全透明化。2019年8月，水滴筹与平安银行达成资金存管协议，用户的爱心捐款会直接进入银行主体的专管户，这部分款项与水滴筹自有资金完全隔离。2022年10月，水滴筹向用户展示银行打款对账单，让其清晰看到每一笔款项的明细，且能与平台筹款页面公示费用完全一致，确保筹款资金的流转安全。此次水滴筹引入第三方会计事务所审计，是资金透明化的又一次升级。
自2016年上线以来，水滴筹已经帮助295万名患者筹集601亿元，累计约4.39亿人在水滴筹进行捐助。水滴筹业务负责人表示，不辜负每一份信任是水滴筹一直以来的努力目标，这既要求平台确保案例真实性和资金透明性，对捐款用户负责；同时也要提升筹款用户的服务体验，提升筹款效率，让筹款患者可以更顺畅筹集到治疗费用。未来，我们将持续以客户为中心，加大投入技术创新，努力提升服务效率和透明度，推动爱心高效传递。
水滴筹还将面向社会招募“平台监督员”，邀请更多公众参与业务规则研讨及资金审核，可以随机抽查任何一笔筹款的费用明细，对筹款全流程进行监督。
